为什么scipy.cluster.hierarchy.linkage需要度量？

Question

我们需要传递一个距离矩阵，所以应该不需要再计算其他的距离，对吧？我是不是漏掉了什么？

这里的文档： http://docs.scipy.org/doc/scipy-0.14.0/reference/generated/scipy.cluster.hierarchy.linkage.html

Answer 1

我觉得这个指标是用来计算新形成的聚类之间的距离的（这取决于我们使用哪种方法）。

Answer 2

linkage 函数不需要 metric 参数，除非你传入的是原始数据而不是距离矩阵。

根据你提供的链接：

y : ndarray
[...] 另外，也可以传入一个包含 m 个观测向量的 n 维数组，形状为 m 行 n 列。

linkage 函数会检查你传入的是否是有效的距离矩阵——这可能是通过 is_valid_y 或 is_valid_dm 来判断。如果不是有效的距离矩阵，它会先使用你指定的度量方法来应用 pdist（如果没有指定，就会使用欧几里得距离）。