如何将vtkimage转换为numpy数组

Question

我尝试用Python和python-vtk处理MHD图像文件。这个文件放在谷歌云盘上：mhd。

我想把它转换成numpy数组，然后根据一个给定的值（比如500）来拆分这些数据。接着，我想计算一些汇总信息。我按照这个帖子里的说明去做，但对我来说不太管用。

import vtk
imageReader = vtk.vtkMetaImageReader()
imageReader.SetFileName(testfile1)
imageReader.Update() 
# from vtk.util.numpy_support import numpy_to_vtk, vtk_to_numpy does not work for the data type issue

image = imageReader.GetOutput()
# List the dimensions of the image, for example
print image.GetDimensions()
pixelspace = imageReader.GetPixelSpacing()

这里出现了一个错误：

AttributeError: GetPixelSpacing

我该如何完成这个转换呢？
当我完成数据拆分后，怎么把它们保存回mhd格式（或者保存成原始数据格式会更好）呢？

Answer 1

为了让后面使用OpenCV处理图像时，通道设置正确：

import vtk
import numpy as np
from vtk.util import numpy_support

def vtkImgToNumpyArray(vtkImageData):
    rows, cols, _ = vtkImageData.GetDimensions()
    scalars = vtkImageData.GetPointData().GetScalars()
    resultingNumpyArray = numpy_support.vtk_to_numpy(scalars)
    resultingNumpyArray = resultingNumpyArray.reshape(cols, rows, -1)
    red, green, blue, alpha = np.dsplit(resultingNumpyArray, resultingNumpyArray.shape[-1])
    resultingNumpyArray = np.stack([blue, green, red, alpha], 2).squeeze()
    resultingNumpyArray = np.flip(resultingNumpyArray, 0)
    return resultingNumpyArray

Answer 2

根据这个讨论的内容，你可以这样做：

import numpy as np
import vtk
from vtk.util.numpy_support import vtk_to_numpy

imr = vtk.vtkMetaImageReader()
imr.SetFileName('t10-Subvolume-resample_scale-1.mhd')
imr.Update()

im = imr.GetOutput()
rows, cols, _ = im.GetDimensions()
sc = im.GetPointData().GetScalars()
a = vtk_to_numpy(sc)
a = a.reshape(rows, cols, -1)

assert a.shape==im.GetDimensions()

这里的 a 是一个 NumPy 数组，用来存放图像数据。