在NetworkX中处理大型GraphML文件

Question

我有一些比较大的 .graphml 文件（大约 7GB），我想用 NetworkX 在这些文件上运行一些算法。每当我尝试用以下代码读取这些 graphml 文件时：

print "Reading in the Data...\n"
G = nx.read_graphml('%s' % path_string)
plt.title('%s Network' % name_string)
nx.draw(G)
plt.show()

我得到的输出是：

/usr/bin/python2.7 /home/user/PycharmProjects/G_Project/Graph.py
Reading in the Data...


Process finished with exit code 139

我猜这可能是因为我的电脑在尝试打开文件时内存不够用，但我想知道有没有办法处理大 .graphml 文件，同时还能使用 NetworkX？

我已经习惯使用 NetworkX，并觉得它很有用，所以如果有什么方法可以处理大文件，我会很感激。

Answer 1

我知道这不是关于networkX的回答，但我建议你考虑一下graph-tool。它也支持graphml格式。

你可以在他们的网站上查看graph-tool和networkx的比较。

注意：我没有足够的声望来评论，所以我就以回答的形式发了这个。