Numpy在256GB RAM、64位Python和64位Numpy下的内存错误，ulimit问题？

Question

在网上关于numpy内存错误的帖子有很多，但我找不到一个能解决我问题的。我正在使用一台高端服务器，内存有256GB，操作系统是64位的opensuse 13.1，使用64位的python和numpy（据我所知）。下面是具体情况。

原作者现在无法提供帮助，所以我尽力去确定numpy试图创建的对象的内存大小。首先，这里是错误追踪信息：

File "/home/<me>/cmsRelease/trunk/Classes/DotData.py", line 193, in __new__
  DataObj = numpy.rec.fromarrays(Columns,names = names)
File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/numpy/core/records.py", line 562, in fromarrays
  _array = recarray(shape, descr)
File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/numpy/core/records.py", line 400, in __new__
  self = ndarray.__new__(subtype, shape, (record, descr), order=order)
MemoryError

我用下面的for循环来尽量估算对象的大小：

size = 0
for i in Columns:  # Columns is the list passed into numpy.rec.fromarrays
    size += sys.getsizeof(i)
print "Columns size: " + str(size)

结果是 Columns size: 12051648。如果我没算错的话，这大约是12MB，但无论如何，这和256GB相差太远了。

根据这些信息，我怀疑可能有系统限制（ulimit）阻止python访问内存。我运行 ulimit -a 后显示如下（在运行程序之前我设置了 ulimit -s 256000000）：

core file size          (blocks, -c) 0
data seg size           (kbytes, -d) unlimited
scheduling priority             (-e) 0
file size               (blocks, -f) unlimited
pending signals                 (-i) 2065541
max locked memory       (kbytes, -l) 64
max memory size         (kbytes, -m) unlimited
open files                      (-n) 10000
pipe size            (512 bytes, -p) 8
POSIX message queues     (bytes, -q) 819200
real-time priority              (-r) 0
stack size              (kbytes, -s) 256000000
cpu time               (seconds, -t) unlimited
max user processes              (-u) 2065541
virtual memory          (kbytes, -v) unlimited
file locks                      (-x) unlimited

我有几个问题：

我遗漏了什么吗？
我是不是没有正确测量 Columns 列表对象的大小？
还有其他系统属性需要设置吗？

我希望 Memory Error 能更具体一些。感谢你的帮助。

系统信息支持：

系统内存：

> free -h
             total       used       free     shared    buffers     cached
Mem:          252G       1.6G       250G       4.2M        12M        98M
-/+ buffers/cache:       1.5G       250G
Swap:         2.0G        98M       1.9G

操作系统版本：

> cat /etc/os-release
NAME=openSUSE
VERSION="13.1 (Bottle)"
VERSION_ID="13.1"
PRETTY_NAME="openSUSE 13.1 (Bottle) (x86_64)"
ID=opensuse
ANSI_COLOR="0;32"
CPE_NAME="cpe:/o:opensuse:opensuse:13.1"
BUG_REPORT_URL="https://bugs.opensuse.org"
HOME_URL="https://opensuse.org/"
ID_LIKE="suse"

Python版本：

Python 2.7.6 (default, Nov 21 2013, 15:55:38) [GCC] on linux2
>>> import platform; platform.architecture()
('64bit', 'ELF')

Numpy版本：

>>> numpy.version
<module 'numpy.version' from '/usr/lib64/python2.7/site-packages/numpy/version.pyc'>
>>> numpy.version.version
'1.7.1'

内存管理 numpy 高性能计算 opensuse 64位系统系统限制 ulimit 对象大小

Numpy在256GB RAM、64位Python和64位Numpy下的内存错误，ulimit问题？

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