python命令行应用程序,用于检测微生物分支中的基因组岛插入。
xenoG的Python项目详细描述
要求
NCBI爆炸+
我们需要blast p和makeblastdb可执行文件( ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/latest/ )。
蟒蛇3
包依赖项
- 生物圈(http://biopython.org/" rel="nofollow">http://biopython.org/)。这是用于分析genbank文件的,可以使用pip:
-
pip3安装biopython
< DL> - Parasail(https://github.com/jeffdaily/Parasail" rel="nofollow">https://github.com/jeffdaily/Parasail)。这是一个优化的比对库,用于计算蛋白质之间的分数。也可以使用pip:
- PIP3安装Parasail
- numpy(http://www.numpy.org/" rel="nofollow">http://www.numpy.org/)。
- pip3安装numpy
- scipy(https://www.scipy.org/" rel="nofollow">https://www.scipy.org/)。 pip3安装scipy
< DL> < DL>
(您使用的pip需要对应于python 3的一个版本。在某些情况下,它可能只是被称为pip而不是pip3)。
其他依赖项
如果使用 makeSpeciesTree 标志,还需要以下内容
- 肌肉(https://www.drive5.com/muscle/" rel="nofollow">https://www.drive5.com/muscle/)。
- 快速树(http://www.microbesonline.org/fastree/" rel="nofollow">http://www.microbesonline.org/fastree/)。
- 阿斯特拉尔( https://github.com/smirarab/astral/ )。