泰国疫霉its1分类工具（pict）。
thapbi-pict的Python项目详细描述
thapbiphytophthoraits1分类器工具（pict）
关于
thapbi pict是一个基于its1的诊断/分析工具，来自英国资助的tree 健康和植物生物安全倡议（THAPBI）Phyto-Threats project， 重点是鉴定在Illumina中存在的phytophthora物种。 环境样品。
phytophthora（希腊语意思是植物毁灭者）物种在经济上是 重要的植物病原菌，在农业和林业中都很重要。它的1是 内转录间隔区1的缩写，它是真核生物的一个区域 18s和5.8srrna基因之间的基因组。通常用于 分子条形码，在这里测序这个短区域可以识别物种。
安装
我们建议在Linux上使用 Conda包装系统，通过 BioConda通道，它将处理 all依赖项：
$ conda install thapbi_pict
在macos上也应该如此，但是命令行依赖项可能 排除直接使用windows。
或者，由于软件在Python Package Index (PyPI)上，下面的命令将安装 它及其python依赖项：
$ pip install thapbi_pict
但是，在这种情况下，您仍然需要安装各种外部 命令行工具。有关详细信息，请参见INSTALL.rst，如果您 还想修改软件readCONTRIBUTING.rst。
快速启动
安装后，您应该能够在命令行运行该工具 使用：
$ thapbi_pict
这将自动找到已安装的python代码副本。 使用thapbi_pict -v报告版本，或使用thapbi_pict -h报告 救命啊。
文件
tool documentation由 Read The Docs，从 docs/文件夹。
资金
Thapbi植物威胁项目由 生物技术和生物科学研究委员会，环境、食品和农村部 事务（DEFRA）， 经济及社会研究理事会， 在Forestry Commission， 自然环境研究委员会 还有树下的Scottish Government 健康和植物生物安全倡议。
背景
这将继续先前的工作，包括：
发布历史
请参阅CHANGELOG.rst文件（此处包含的时间太长）。
开发说明
有关开发的详细信息，请参见CONTRIBUTING.rst文件 设置包括python风格的约定、git预提交挂钩， 持续集成和测试覆盖，以及发布过程。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
