swc-vtk变换器在多室神经元可视化及神经电路仿真中的应用


swc2vtk的Python项目详细描述

travisciCoverage Statuspython-2.7,3.3,3.4-bluelicense paraviewNEURON

用于神经元和神经回路可视化的swc-vtk转换器 视距模拟。这个软件有助于美化 大规模多室神经元模拟的可视化 并行化的环境。如果你需要进一步的信息,请 检查http://daisukemiyamoto.github.io/swc2vtk/

依赖性

  • 全面质量管理
  • 努比
  • [删除:pyvtk]

安装

  • $pip安装swc2vtk

用法

从一个swc文件生成vtk文件的基本方法

import swc2vtk
vtkgen = swc2vtk.VtkGenerator()
vtkgen.add_swc('simple.swc')
vtkgen.write_vtk('simple.vtk')

从多个swc文件生成vtk文件

import swc2vtk
vtkgen = swc2vtk.VtkGenerator()
vtkgen.add_swc('simple.swc')
vtkgen.add_swc('simple1.swc')
vtkgen.add_swc('simple2.swc')
vtkgen.write_vtk('combined.vtk')

从模拟数据

的swc文件生成vtk文件
import swc2vtk
vtkgen = swc2vtk.VtkGenerator()
vtkgen.add_swc('simple.swc')
vtkgen.add_datafile('result.dat')
vtkgen.write_vtk('simple.vtk')
  • 数据示例
    每行对应于SWC隔间
    -65.0
    -65.0
    -65.0
    -65.0
    

用序列模拟数据从swc文件生成vtk文件

import swc2vtk
vtkgen = swc2vtk.VtkGenerator()
vtkgen.add_swc('simple.swc')

vtkgen.add_datafile('result1.dat')
vtkgen.write_vtk('simple1.vtk')

vtkgen.clear_datafile()
vtkgen.add_datafile('result2.dat')
vtkgen.write_vtk('simple2.vtk')

vtkgen.clear_datafile()
vtkgen.add_datafile('result3.dat')
vtkgen.write_vtk('simple3.vtk')

输出示例

单神经元形态

single

单曲

为多个swc文件着色

Coloring

着色

单神经元模拟

神经电路模拟

体绘制

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