对保管器（github.com/materialsproject/保管器）中的保管器类进行修改，以允许通过ssh将temp_dir复制到其他计算节点。
SSHCustodian的Python项目详细描述
这个模块依赖于custodian project中的托管类，它是一个包装 管理计算群集上运行的作业。托管模块是 The Materials Project。
此模块通过创建子类sshcustodian扩展托管类， 它添加了复制通过monty创建的临时目录的功能。 到从属计算节点上的scratch分区，前提是 文件系统是这样配置的。实现调用子流程 利用集群上安装的ssh可执行文件，因此 特别优雅或独立于平台，这种解决方案也不太可能是 所有集群通用。这就是为什么没有提交此修改 作为对主托管项目的请求。
您使用sshcustodian的方式与托管类相同，它应该 与现有脚本集成。sshcustdiane类需要两个 创建新实例时的其他参数，scratch_dir_node_only 以及pbs_nodefile：
scratch_dir_node_only (bool): If set to True, custodian will grab the list
of nodes in the file path provided to pbs_nodefile and use copy the
temp_dir to the scratch_dir on each node over ssh. This is necessary on
cluster setups where each node has its own independent scratch
partition.
pbs_nodefile (str): The filepath to the list of nodes to be used in a
calculation. If this path does not point to a valid file, then
scratch_dir_node_only will be automatically set to False.
还创建了sshvaspjob子类，该子类重写setup方法以 还要在auto_npar = True时检查环境变量PBS_NUM_PPN。这对于使用compute node scratch实现是必要的 基于pbs的排队系统上的分区，作为使用 multiprocessing.cpu_count()要计算核心数将包括 超线程，它会高估物理核心的数量并导致 NPAR设置得太大。设置过高的一个后果是 vasp作业将挂起，消耗资源，但不做任何有用的事情。如果你 使用这种划痕目录时，要小心设置NPAR。
在许多集群中，计算节点列表的文件路径位于 环境变量PBS_NODEFILE，可以在bash中作为 $PBS_NODEFILE，在python中使用os模块。一个例子 如何在脚本中使用sshcustedian如下：
import logging
import os
from sshcustodian.sshcustodian import SSHCustodian
from custodian.vasp.handlers import (VaspErrorHandler,
UnconvergedErrorHandler,
MeshSymmetryErrorHandler,
NonConvergingErrorHandler,
PotimErrorHandler)
from custodian.vasp.validators import VasprunXMLValidator
from sshcustodian.vasp.sshjobs import SSHVaspJob
from pymatgen.io.vasp import VaspInput
FORMAT = '%(asctime)s %(message)s'
logging.basicConfig(format=FORMAT, level=logging.INFO, filename="run.log")
class VaspInputArgs:
def __init__(self):
"""
Set the default values for running a VASP job.
"""
self.static_kpoint = 1
def import_dict(self, in_dict):
"""
Create and update self variables using dictionary.
"""
for (key, value) in iteritems(in_dict):
if key == "command":
self.command = value
if key == "static_kpoint":
self.static_kpoint = value
if key == "jobs":
self.jobs = value
def get_runs(args):
vasp_command = args.command.split()
njobs = len(args.jobs)
for i, job in enumerate(args.jobs):
final = False if i != njobs - 1 else True
if any(c.isdigit() for c in job):
suffix = "." + job
else:
suffix = ".{}{}".format(job, i + 1)
settings = []
backup = True if i == 0 else False
copy_magmom = False
vinput = VaspInput.from_directory(".")
if i > 0:
settings.append(
{"file": "CONTCAR",
"action": {"_file_copy": {"dest": "POSCAR"}}})
job_type = job.lower()
auto_npar = True
if job_type.startswith("static"):
m = [i * args.static_kpoint for i in vinput["KPOINTS"].kpts[0]]
settings.extend([
{"dict": "INCAR",
"action": {"_set": {"NSW": 0}}},
{'dict': 'KPOINTS',
'action': {'_set': {'kpoints': [m]}}}])
yield SSHVaspJob(vasp_command, final=final, suffix=suffix,
backup=backup, settings_override=settings,
copy_magmom=copy_magmom, auto_npar=auto_npar)
logging.info("Handlers used are %s" % args.handlers)
scratch_root = os.path.abspath("/scratch")
pbs_nodefile = os.environ.get("PBS_NODEFILE")
job_args = VaspInputArgs()
job_dict = {"command": "pvasp",
"jobs": ["static"]}
job_args.import_dict(job_dict)
handlers = [VaspErrorHandler(), MeshSymmetryErrorHandler(),
UnconvergedErrorHandler(), NonConvergingErrorHandler(),
PotimErrorHandler()]
validators = [VasprunXMLValidator()]
c = SSHCustodian(handlers, get_runs(job_args), validators,
checkpoint=True,
scratch_dir=scratch_root,
scratch_dir_node_only=True,
pbs_nodefile=pbs_nodefile)
c.run()
请注意，根据集群的配置方式，需要将"command": "pvasp"更改为调用并行作业的方式。
有关如何使用保管器的更多信息，请参阅custodian project documentation。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
