人类的dna序列可视化。

squiggle的Python项目详细描述


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Squiggle是一个二维DNA序列可视化库,可以 像这样的fasta序列文件:

>lcl|NC_000011.10_cds_NP_000509.1_1 [gene=HBB]
ATGGTGCATCTGACTCCTGAGGAGAAGTCTGCCGTTACTGCCCTGTGGGGCAAGGTGAACGTGGATGAAG
TTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAGGCTGCTGGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTTGAGTCCTTTGG
GGATCTGTCCACTCCTGATGCTGTTATGGGCAACCCTAAGGTGAAGGCTCATGGCAAGAAAGTGCTCGGT
GCCTTTAGTGATGGCCTGGCTCACCTGGACAACCTCAAGGGCACCTTTGCCACACTGAGTGAGCTGCACT
GTGACAAGCTGCACGTGGATCCTGAGAACTTCAGGCTCCTGGGCAACGTGCTGGTCTGTGTGCTGGCCCA
TCACTTTGGCAAAGAATTCACCCCACCAGTGCAGGCTGCCTATCAGAAAGTGGTGGCTGGTGTGGCTAAT
GCCCTGGCCCACAAGTATCACTAA
>lcl|NC_005100.4_cds_NP_150237.1_1 [gene=HBB]
ATGGTGCACCTGACTGATGCTGAGAAGGCTGCTGTTAATGGCCTGTGGGGAAAGGTGAACCCTGATGATG
TTGGTGGCGAGGCCCTGGGCAGGCTGCTGGTTGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTACTTTGATAGCTTTGG
GGACCTGTCCTCTGCCTCTGCTATCATGGGTAACCCTAAGGTGAAGGCCCATGGCAAGAAGGTGATAAAC
GCCTTCAATGATGGCCTGAAACACTTGGACAACCTCAAGGGCACCTTTGCTCATCTGAGTGAACTCCACT
GTGACAAGCTGCATGTGGATCCTGAGAACTTCAGGCTCCTGGGCAACATGATTGTGATTGTGTTGGGCCA
CCACCTGGGCAAGGAATTCTCCCCCTGTGCACAGGCTGCCTTCCAGAAGGTGGTGGCTGGAGTGGCCAGT
GCCCTGGCTCACAAGTACCACTAA

变成这样华丽的交互式可视化:

Human Squiggle

安装

如果没有安装python 3.4或更高版本,请确保get it 。以获得当前稳定版本的 蠕动,奔跑:

$ pip install squiggle

或者,如果您想获得最新的开发版本:

$ pip install git+https://github.com/Lab41/squiggle.git

用法

使用“蠕动”非常简单:

$ squiggle your_sequence.fasta

Squiggle有很多选项可供选择,使其美观、互动 DNA序列的可视化。要得到各种选项的详细信息, 看看文档here

引文

待定!

欢迎加入QQ群-->: 979659372 Python中文网_新手群

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