亚基因组学的稳健比较分析与污染去除
recentrifuge的Python项目详细描述
亚基因组学的稳健比较分析和污染去除
使用recentrifuge,研究人员可以交互地探索样本中的生物体以及在何种置信水平下,从而能够在任何亚基因组研究中对多个样本进行稳健的比较分析。
- 使用一种新的robust污染物去除算法去除各种污染物,包括交叉点。
- 为每个结果提供置信水平,因为计算的分数会传播到所有下游分析和比较。
- 通过一个新的比较分析引擎,揭示了亚基因组样本的普遍性和特异性。
recentrifuge的新方法结合了稳健的统计、评分分类树算法和并行计算算法。
在亚基因组研究中,以及在临床、环境和法医分析等需要对少数生物进行更可靠的检测时,recentrifuge尤其有用。在recentrifuge中提供的不同置信水平中,它实现了一些非常有用的可变长度读取,例如由纳米孔序列器生成的读取。
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