一种用于对保护指令进行图形表示的软件包。
proteingraph的Python项目详细描述
注意：这个包将被弃用，取而代之的是同行评审的包^{
蛋白质图
计算蛋白质结构的分子图。
为什么？
蛋白质折叠成三维结构，并有一个自然的图形表示：氨基酸是节点，生化作用是边缘。
我写这个包作为一个更大的努力的一部分，对蛋白质结构做图卷积神经网络（表示为图）。然而，这并不是我能预见的唯一一件事。
人们可能对跨越物种和进化时间的蛋白质拓扑结构感兴趣。这个包裹有助于回答这个问题。
如何安装此软件包？
目前只有pip-可安装：
$ pip install proteingraph
这个包裹怎么用？
这个包假设你有一个标准的蛋白质结构文件（例如pdb文件）。这可能是在解决蛋白质的核磁共振或晶体结构后生成的文件，也可能是通过同源性建模生成的。
一旦生成了分子图，就可以使用python代码生成分子图。
fromproteingraphimportProteinInteractionNetworkp=ProteinInteractionNetwork('my_model.pdb')
因为ProteinInteractionNetwork类继承自networkx的Graph类，所以Graph所继承的所有方法都由ProteinInteractionNetwork继承，其行为与networkx图一样。
这意味着所有图论度量（例如度中心度、中间中心度等）都可以在ProteinInteractionNetwork对象上计算。
请参阅examples/目录中的hiv1同调模型示例，以获取最小的示例。
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