openmolcas的轨道查看器
Pegamoid的Python项目详细描述
聚乙二醇
Pegamoid是一种特别适合与 openmolcas。它可以用来查看 轨道和快速选择活动空间用于CASSCF或RASSCF 计算。
功能
可以打开以下格式：
HDF5文件，由某些（开放的）MOLCAS模块（如SCF或RASSCF）生成，如果使用HDF5支持进行编译。
inporb文件由一些（打开的）molcas模块（如scf或rasscf）生成，前提是同一系统的hdf5文件已先打开。
molden文件。
luscus文件，由网格IT模块生成。
网格文件（ASCII），由网格模块生成。
多维数据集文件（格式化）。
对于hdf5、inporb和molden文件，轨道是从 基集，可以改变采样分辨率和形状 采样卷的大小。luscus、grid和cube文件包含预计算的 体积数据，并且只能显示现有数据。
根据输入文件中的可用性，以下特性和对象 支持：
选择轨道。
旋转的选择。
对称性选择不可恢复。
自然平均轨道或特定于州的轨道。
电子密度和拉普拉斯。
自然平均或状态特定的自旋轨道。
自旋密度。
自然差分轨道。
差异、附着和分离密度。
自然过渡轨道。
孔和颗粒密度。
对于任何轨道或密度，可以计算和显示梯度线 （对电子密度特别重要）。可以计算密度 对于减少的轨道子集（例如，仅对于活动轨道）， 用户可以为每个轨道写任意注释。
用于显示isurfaces的值、不透明度、颜色和纹理属性可以 可以调整并切换以下元素的显示：
等值面的正负部分。
节点表面。
原子核和键。
原子标签。
音量盒。
最后，轨道的类型（非活动的，活动的…）可以改变，并且 轨道以以下格式保存，可在（打开的）molcas程序中使用：
HDF5格式。
inporb格式。
或将当前体积数据或快照保存为：
立方体格式。
PNG图像。
安装
安装pegamoid的推荐方法是使用pippackage
经理：
pip install Pegamoid
（您可能还需要添加标志--upgrade和/或--user）。
然后你就跑：
pegamoid.py [filename]
其中，[filename]是要打开的可选支持文件。在这种情况下
inporb文件，您可以提供两个文件名（按任意顺序）：inporb文件和
相应的HDF5文件。
还有其他的方法可以得到Pegamoid。一种是克隆git存储库，例如
git clone https://gitlab.com/Jellby/Pegamoid.git
另一种方法是，由于pegamoid包含在一个python脚本中，所以 只下载脚本文件 pegamoid.py
一旦获取程序，就可以直接运行或通过python运行 解释器，没有安装EDED，即
./pegamoid.py [filename]
或
python pegamoid.py [filename]
但是，脚本有一些要求（这应该由
pip，如果您使用它）必须安装才能工作：
Python2或Python3（至少测试过2.7和3.4版）。
带有python绑定的qt。pyqt 4、pyqt 5和pyside已经过测试。它是 建议安装python模块qtpy（pyside需要）。
带有python绑定的vtk。版本8.1.0已经过测试，以前的版本 很可能不起作用。
numpy和h5py python模块。
默认情况下可能未安装的其他python模块 如果有的话，在运行Pegamoid时需要哪一个。
使用暂存磁盘空间
为了加速几个轨道的显示和密度的计算，
pegamoid使用一些暂存磁盘空间来存储计算的基函数。一
名为pegamoid.cache的文件将在临时位置创建（通常
在/tmp目录中）。多点多基网格
函数，此文件可能会变得非常大，甚至会耗尽所有可用的磁盘
空间。默认情况下，最大划痕大小为1 GiB，但可以在
"file>；set scratch"，或通过环境变量
pegamoid_maxscratch，例如：
PEGAMOID_MAXSCRATCH=100MB ./pegamoid.py
最大大小为100 MB。如果划痕尺寸不足以容纳所有 当前分辨率下的基函数，仅在计算时使用 密度。在"set scratch"窗口中，您还可以找到 实例特定的临时路径以及最大缓存大小 当前使用的大小，以及允许保留所有缓存的建议大小 基本功能。scratch文件和目录在一个干净的出口上被删除，但是 如果程序崩溃或异常中断，它们可能会被留下 后面.
与远程连接一起使用
生产计算通常不在本地计算机上运行，而在某些计算机上运行 像超级计算机一样的远程服务器。要查看/保存/修改轨道文件，请执行以下操作 始终可以在本地和远程计算机之间传输文件。它 但是，直接在远程机器上运行pegamoid更方便 在本地机器上有图形界面显示。不幸的是 是一些困难使这变得不平凡。
首先，远程系统中可能没有安装不同的要求。一
可能的解决方案是为用户帐户安装它们，例如。
pip安装--用户。在这种情况下，可能更容易安装qtpy
和pyside而不是pyqt。
然后，vtk可视化使用一些高级opengl特性，这些特性可能不是
可与所有图形驱动程序一起使用，使其具有挑战性
通过远程连接工作。我们成功地与Pegamoid合作
vglrun在
thinlinc会话或vnc
会话直接从ssh连接打开。具体需要和工作
解决方案可能取决于
远程计算机。
已知问题
在某些系统中，三维窗口中存在显示问题，其中有些元素 被错误地画在其他的上面（这不是指原子名， 总是在上面）。Pyqt5已经发现了这个问题， 通常通过切换到pyqt 4或安装qtopengl支持（在 "关于"对话框，检查"qt api"行是否显示"with qtopengl"）。
没有出现"transform"和"texture"窗口的问题 在一些pyqt 4版本中报告。目前还不清楚 原因。
当在kde plasma 5中运行时，由于kde尝试
聪明点并覆盖它们（请参见
例如这里）。要解决这个问题，
您可以添加到~/.config/kdeglobals文件：
[Development]
AutoCheckAccelerators=false
欢迎加入QQ群-->： 979659372
