ont-tombo 1.5

Tombo摘要

tombo是一套主要用于从纳米孔测序数据中鉴定修饰核苷酸的工具。

tombo还为原始纳米孔信号的分析和可视化提供了工具。

安装

基本的tombo安装（python 2.7和3.4+支持）

# install via bioconda environment
conda install -c bioconda ont-tombo

# or install pip package (numpy install required before tombo for cython optimization)
pip install numpy
pip install ont-tombo[full]

快速启动

这个快速入门指导了使用tombo命令行界面执行一些常见的修改过的基本检测分析的步骤。

任何tombo分析的第一步是重新弯曲（原始信号到参考序列对齐）原始纳米孔读取。这将创建索引并存储执行下游分析所需的信息。

在本例中，对大肠杆菌样品进行dam和dcm甲基化检测（cpg模型也可用于人类分析）。利用这些结果，原始信号被绘制在最显著修改的dcm位置，dam修改的碱基预测被输出到wiggle文件中，用于基因组浏览器中的下游处理或可视化。

tombo resquiggle path/to/fast5s/ genome.fasta --processes 4 --num-most-common-errors 5
tombo detect_modifications alternative_model --fast5-basedirs path/to/fast5s/ \
    --statistics-file-basename native.e_coli_sample \
    --alternate-bases dam dcm --processes 4

# plot raw signal at most significant dcm locations
tombo plot most_significant --fast5-basedirs path/to/fast5s/ \
    --statistics-filename native.e_coli_sample.dcm.tombo.stats \
    --plot-standard-model --plot-alternate-model dcm \
    --pdf-filename sample.most_significant_dcm_sites.pdf

# produces wig file with estimated fraction of modified reads at each valid reference site
tombo text_output browser_files --statistics-filename native.e_coli_sample.dam.tombo.stats \
    --file-types dampened_fraction --browser-file-basename native.e_coli_sample.dam
# also produce successfully processed reads coverage file for reference
tombo text_output browser_files --fast5-basedirs path/to/fast5s/ \
    --file-types coverage --browser-file-basename native.e_coli_sample

虽然motif模型（CpG、dcm和dam；最准确）和所有上下文特定的备用基模型（5mC和6mA；更准确）是首选，但tombo还允许用户调查其他甚至未知的基修改。

下面是两个运行de_novo方法（检测与预期cannonical信号电平的偏差）和level_sample_compare方法（检测两个感兴趣样本之间的信号电平偏差；在高覆盖率下最有效）的示例命令。

tombo detect_modifications de_novo --fast5-basedirs path/to/fast5s/ \
    --statistics-file-basename sample.de_novo_detect --processes 4
tombo text_output browser_files --statistics-filename sample.de_novo_detect.tombo.stats \
    --browser-file-basename sample.de_novo_detect --file-types dampened_fraction

tombo detect_modifications level_sample_compare --fast5-basedirs path/to/fast5s/ \
    --control-fast5-basedirs path/to/control/fast5s/ --minimum-test-reads 50 \
    --processes 4 --statistics-file-basename sample.level_samp_comp_detect
tombo text_output browser_files --statistics-filename sample.level_samp_comp_detect.tombo.stats \
    --browser-file-basename sample.level_samp_comp_detect --file-types statistic

See more complete tutorials on the documentation page.

核糖核酸

所有tombo命令也可用于直接rna纳米孔读取，但必须为拼接的转录本提供转录组参考序列。

在tombo框架内处理直接rna读取的技巧可以在详细的tombo文档的RNA section中找到。

其他文档

运行tombo -h查看所有tombo命令组，运行tombo [command-group]-h查看每个组中的所有命令。

所有tombo命令和算法的详细文档可以在tombo documentation page上找到。

引文

Stoiber，M.H.等人通过基因组引导的纳米孔信号处理实现dna修饰的从头鉴定。BioXiV（2016）。

http://biorxiv.org/content/early/2017/04/10/094672

已知问题

• Tombo Conda环境（尤其是Python2.7）可能存在安装问题。

  • tombo在python 3.4+中工作得最好，因此许多问题可以通过升级python来解决。

  • 如果使用conda安装：

    • Ensure the most recent version of conda is installed (^{tt10}$).
    • It is recommended to set conda channels as described for bioconda.
    • Run ^{tt11}$.

  • 在Python2.7中，conda scipy.stats包有一个问题。降级到0.17版本可以解决此问题。

  • 在Python2.7中，conda h5py包有一个问题。降级到<；=2.7.0版本可以解决此问题。