神经影像学资料来源
niprov的Python项目详细描述
神经影像学数据来源
曾经遇到过一个你不确定是什么样的分析步骤的文件 经历过吗?曾经想知道你有什么类型的数据 可用于一个主题的概述?自动记录 分析管道?
来源是跟踪文件“历史”的元数据,niprov 是一个python程序,用于为brain创建、存储和发布出处 图像文件。
可以找到包含收集的所有出处属性的列表 here。 阅读full online documentation(或 pdf)。 有关映像文件的其他详细信息,请安装 nibabel、mne和/或pydicom。
命令行用法
安装niprov:
pip install niprov< >在数据目录中查找现有的图像文件:
provenance discover /my/data/directory
运行转换命令并将其记录为新文件的来源:
provenance record mcflirt -in t1flip_all_orig -out t1all_reg -refvol 0
将已知meg文件的来源存储为xml文件:
provenance export --modality "MEG" --xml
python api
importniprovprovenance=niprov.ProvenanceContext()# Log an analysis step:someAnalysisPackage.correctmotion(input='JD-fmri.nii',output='JD-fmri-3dmc.nii')provenance.log('JD-fmri.nii','motion correction',['JD-fmri-3dmc.nii'])# Loop over images of John Smith and display a preview:forimageinprovenance.get().bySubject('John Smith'):image.viewSnapshot()# Make sure two files were acquired with the same parameters:img1.compare(img2).assertEqualProtocol()
网络浏览器
通过运行命令provenance serve,您可以启动一个mini 在后台运行webserver,并在webbrowser中浏览图像: