Masspy是一个用于生物网络动力学建模和模拟的软件包
massp的Python项目详细描述
python中的masspy-质量作用化学计量模拟
什么是masspy？
对ma s sa函数s进行化学计量s模拟 （masspy）是用于构造和 生化反应系统动力学模型分析。
masspy的主要目标之一是与cobrapy无缝集成， 中广泛使用的基于约束的重构与分析python包 以便提供一系列可利用的建模技术 分开的或在一起的。有关Cobrapy的更多信息，请访问 他们的github page。
引用
手稿正在准备出版，将作为适当的参考 因为他引用了未来的大块头。
安装
建议安装masspy的方法是使用pip到install masspy from PyPI（我们建议这样做 在avirtual environment内部：
pip install masspy
如果下载了源代码，请运行：
pip install -e .
在masspy目录中。有关更多信息，请参阅 那张detailed installation instructions。
贡献
我们欢迎您的贡献！请阅读contributions guideline 开始吧。
许可证
masspy源是在gpl和lgpl许可下发布的。你 可以选择使用软件的许可证。
这个程序是免费软件：你可以重新发布和/或修改它 根据GNU通用公共许可或较小GNU的条款 自由软件基金会发布的通用公共许可证， 许可证的版本2，或（由您选择）任何更高版本。
这个程序的发布是希望它会有用，但是 没有任何保证；甚至没有 适销性或适合某一特定目的的适销性。见GNU将军 公共许可证了解更多详细信息。
安装Masspy
所有版本都要求在继续之前安装Python3.4+。 Mac OS X（10.7+）和ubuntu随python提供。没有python的windows用户可以 从python website下载并安装python。 请注意，尽管anaconda和其他python发行版可以工作 对于masspy，它们还没有得到明确的支持（现在！）.
稳定版本安装
masspy可以与任何最近安装的pip一起安装。 几个操作系统的说明如下：
Mac OS X或Linux
- install pip。
- 在终端中，运行sudo pip install mass
强烈建议提前更新pip。 （pip install pip --upgrade）。
Microsoft Windows
windows上的首选安装方法也是使用pip。这个 Python3.4及更高版本的最新Windows安装程序包括PIP，因此如果您 使用那些你已经拥有的pip。
一。在终端中，运行C:\Python36\Scripts\pip.exe install masspy （您可能需要相应地调整路径）。
要在没有pip的情况下安装，您需要下载并使用 适合您的python版本的安装程序。
开发安装
获取的detailed contribution instructions 对masspy有贡献。
安装可选依赖项
可选依赖项
在windows上，这些文件可以从this site下载。在Mac/Linux上，它们可以是 使用PIP或从OS包管理器（如Brew、Apt、Yum）安装。
- libsbml>；=5.10到读/写sbml级别2
文件
- Windows libsbml installer
- 在Mac/Linux上使用sudo pip install python-libsbml。
2.lxml以加快sbml级别3文件的读/写速度。 您可以通过以下方式直接安装所有软件包：
pip install "masspy[all]"
测试您的安装
现在Masspy还是你开发和测试。我们道歉 对于不便之处，请在本页的 未来更新。
目前，如果您有任何问题或疑虑，请发送电子邮件 zhaiman@eng.ucsd.edu主题行中有“大量关注”，我们将 尽快给你回电话。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
