hcuppy是hcup工具和软件的python实现
hcupp的Python项目详细描述
H供给
用于H-CUP Tools and Software的python包。 此软件包中实现的模块如下：
- “CCS (Clinical Classification Software)”将ICD-10诊断和程序代码转换为具有临床意义的组
- “CCI (Chronic Condition Indicator)”根据ICD-10诊断代码识别慢性疾病
- “Elixhauser Comordibity Index”使用一组ICD-10诊断代码计算再入院和死亡风险
- “Procedure Classes”确定给定的ICD-10程序代码是否是次要/主要诊断/治疗性的
- “Utilization Flags”确定UB40收入代码和ICD-10程序代码的组合是否指示（或暗示）某种资源利用，如重症监护室、超声波、X光等。
- “Surgery Flags”标识cpt代码是否与手术相关。请注意，要使用此模块，用户必须与ama就使用cpt代码here达成附加许可协议。
请注意，此软件包不支持ICD-9。
安装
从源安装：
$ git clone git@github.com:yubin-park/hcuppy.git
$ cd hcuppy
$ python setup.py develop
或者，只需使用pip：
$ pip install hcuppy
文件结构
hcuppy/：包源代码位于此处。data/：从h-cup网站下载的原始数据文件。ccs.py：ccs的一个模块cci.py：cci的一个模块elixhauser.py：elixhauser共病指数的一个模块prcls.py：过程类的模块uflag.py：用于使用标志的模块sflag.py：用于外科标志的模块utils.py：用于读取数据文件的实用函数。
tests/：测试脚本以检查输出的有效性。LICENSE.txt：阿帕奇2.0。README.md：这个自述文件。setup.py：一个设置脚本。
代码示例
hcuppy使用起来非常简单。
请看下面的一些例子。
请注意，下面使用的所有函数都有docstring。
如果要查看输入参数规范，
请键入print(<instance>.<function>.__doc__)。
使用ccs
>>>importjson>>>fromhcuppy.ccsimportCCSEngine>>>ce=CCSEngine(mode="dx")>>>out=ce.get_ccs(["E119","I10"])>>>print(json.dumps(out,indent=2))[{"ccs":"49","ccs_desc":"Diabetes mellitus without complication","ccs_lv1":"3","ccs_lv1_desc":"Endocrine; nutritional; and metabolic diseases and immunity disorders","ccs_lv2":"3.2","ccs_lv2_desc":"Diabetes mellitus without complication [49.]"},{"ccs":"98","ccs_desc":"Essential hypertension","ccs_lv1":"7","ccs_lv1_desc":"Diseases of the circulatory system","ccs_lv2":"7.1","ccs_lv2_desc":"Hypertension"}]>>>
使用cci
>>>fromhcuppy.cciimportCCIEngine>>>ce=CCIEngine()>>>out=ce.get_cci(["E119"])>>>print(json.dumps(out,indent=2))[{"is_chronic":true,"body_system":"3","body_system_desc":"Endocrine, nutritional, and metabolic diseases and immunity disorders"}]
使用elixhauser共病指数
>>>fromhcuppy.elixhauserimportElixhauserEngine>>>ee=ElixhauserEngine()>>>out=ee.get_elixhauser(["E119","E108","I10","I110","Z944"])>>>print(json.dumps(out,indent=2)){"cmrbdt_lst":["LIVER","DMCX","HTNCX","CHF"],"rdmsn_scr":31,"mrtlt_scr":9}>>>
使用程序类
>>>fromhcuppy.prclsimportPrClsEngine>>>pce=PrClsEngine()>>>out=pce.get_prcls(["B231Y0Z"])>>>print(json.dumps(out,indent=2))[{"class":"1","desc":"Minor Diagnostic"}]>>>
使用使用标志
>>>fromhcuppy.uflagimportUFlagEngine>>>ufe=UFlagEngine()>>>out=ufe.get_uflag(rev_lst=["0380"],pr_lst=["BB0DZZZ"])>>>print(json.dumps(out,indent=2))["Blood","Chest X-Ray"]>>>
如果您想查看其他示例用例，请参考tests/文件夹下的测试脚本。
许可证
阿帕奇2.0
作者
Yubin Park，博士
参考文献
- https://www.hcup-us.ahrq.gov/
- https://www.hcup-us.ahrq.gov/tools_software.jsp
- https://cran.r-project.org/web/packages/comorbidity/vignettes/comorbidityscores.html
- https://github.com/modusdatascience/ccs
欢迎加入QQ群-->： 979659372
