流式细胞仪工具包
FlowKit的Python项目详细描述
概述
flowkit是一个用于流式细胞术分析和可视化的直观python工具包，包括gatingml 2.0支持。功能包括：
- 读取流式细胞术标准数据（fcs文件），包括fcs版本：
- 2.0
- 3.0
- 3.1
- 以以下任何格式导出“未来作战系统”数据：
- 一个新的“未来作战系统”3.1文件，其中包含修改的元数据和/或筛选的事件
- numpy数组
- 熊猫数据框
- csv文本文件
- 使用多种格式的溢出矩阵补偿未来作战系统事件：
- 作为$spill或$overflow关键字值格式
- flowjo制表符分隔文本格式
- numpy数组
- gatingml 2.0 spectrummatrix XML元素
- 在流社区中使用的各种转换中转换原始事件或补偿事件：
- 逻辑
- 反双曲正弦（弧inh）
- 超级日志
- 对数
- 通道比率
- 线性
- 可选，自动过滤负散射事件和/或异常事件
- 可视化未来作战系统事件数据：
- 具有高斯核密度估计曲线的单通道数据直方图
- 两通道等高密度图
- 两个通道的交互式散点图
- 任何通道组合的交互式散点图矩阵
要求
FlowKit支持Python3.6或更高版本。所有依赖项都可以安装 通过PIP，包括：
- flowio>；=0.9.3
- flowutils>；=0.6.8
- numpy>；=0.15
- scipy=1.0
- 熊猫>；=0.19
- matplotlib>；=3.0
- Seaborn=0.9
- bokeh>；=1.0
- lxml>；=4.2
- anytree=2.4
安装
来自Pypi
pip install flowkit
来源
git clone https://github.com/whitews/flowkit
cd flowkit
python setup.py install
用法
查看示例笔记本：
欢迎加入QQ群-->： 979659372
