expectra 0.1.0

简介

expectra是一个从分子输出模拟exafs的程序。 动力学模拟。它还可以对结构进行取样 基于由法向模计算产生的谐波势。

exafs多重散射计算使用 FEFF6-lite，写在 华盛顿大学J.J.Rehr及其同事1

1. J.J.Rehr，S.I.Zabinsky和R.C.Albers，“高阶倍数 x射线吸收精细结构的散射计算。 修订版利特。69，3397（1992年）。

要求

• 格夫特兰
• MPI（例如OpenMPI或MPICH）
• Python
• 努比
• MPI4PY

安装

这个程序是作为一个python包分发的。它需要一个fortran 编译程序（例如gfortran）来构建feff6 lite程序，即 与代码一起重新分发。mpi库（例如openmpi）也可以 必修的。

第一步是安装python、gfortran和mpich。在ubuntu上这个 可以这样完成：

$ sudo apt-get install build-essential gfortran mpich python python-pip

一旦依赖项被expectra安装（并且python将其打包 取决于）可以使用pip安装：

$ pip install --user expectra

用法

usage: expectra [-h] [--first-shell] [--neighbor-cutoff DISTANCE]
                [--multiple-scattering] [--rmax DISTANCE] [--S02 FACTOR]
                [--energy-shift ENERGY] [--absorber ELEMENT]
                [--ignore-elements ELEMENTS] [--edge EDGE] [--skip SKIP]
                [--every EVERY]
                TRAJ [TRAJ ...]

positional arguments:
  TRAJ                  trajectory file (POSCAR, con, xyz)

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --first-shell         a single scattering calculation that uses an
                        automatically calculated reference path (default:
                        True)
  --neighbor-cutoff DISTANCE
                        1st neighbor cutoff distance (default: 3.4)
  --multiple-scattering
  --rmax DISTANCE       maximum scattering half-path length
  --S02 FACTOR          amplitude reduction factor
  --energy-shift ENERGY
                        energy shift to apply in eV
  --absorber ELEMENT    atomic symbol of the xray absorber
  --ignore-elements ELEMENTS
                        comma delimited list of elements to ignore in the
                        scattering calculation
  --edge EDGE           one of K, L1, L2, L3
  --skip SKIP           number of frames to skip at the beginning
  --every EVERY         number of frames to between each step