在约束条件下优化dna序列。
dnachisel的Python项目详细描述
DNA凿子是一个Python库,用于根据一组约束和优化目标优化DNA序列的核苷酸它可以用于密码子优化特定有机体序列的基因,修改序列以满足dna提供者的限制,同时保留基因,等等。
dna凿子提供了超过15种类型的优化和约束,并允许用户在python中定义新的规范,使库适合于大量的自动化序列设计应用程序或复杂的自定义设计项目。
使用示例
fromdnachiselimport*# DEFINE THE OPTIMIZATION PROBLEMrandom_sequence=random_dna_sequence(10000)problem=DnaOptimizationProblem(sequence=random_sequence,constraints=[AvoidPattern("BsaI_site"),EnforceGCContent(mini=0.3,maxi=0.7,window=50)],objectives=[CodonOptimize(species='e_coli',location=(500,1300))])# SOLVE THE CONSTRAINTS, OPTIMIZE WITH RESPECT TO THE OBJECTIVEproblem.resolve_constraints()problem.optimize()# PRINT SUMMARIES TO CHECK THAT CONSTRAINTS PASSprint(problem.constraints_text_summary())print(problem.objectives_text_summary())
见this page 有关可用规范的概述。
信息
pip安装:
pip install dnachisel[reports]
(如果您只想使用dnachisel,可以省略[reports]后缀 对于序列优化,不生成图形或PDF报告)
Web文档:
https://edinburgh-genome-foundry.github.io/DnaChisel/
github页
https://github.com/Edinburgh-Genome-Foundry/DnaChisel
现场演示
http://cuba.genomefoundry.org/sculpt_a_sequence
许可证:麻省理工学院,爱丁堡基因组铸造厂版权所有