以编程方式生成CWL。可用类型:工作流、CommandLineTool和Requirements
cwlgen-kclhi的Python项目详细描述
Python
pythoncwlgen是一个用于以编程方式生成CWL的Python库。 支持生成CommandLineTool、工作流和DockerRequirement。 该库同时适用于python2.7.12+和3.6.0。在
通用工作流语言
Common Workflow Language (CWL)是一种描述工作流的语言。 user guide 对其目标进行了温和的解释,但大体上:
- 停止为长时间复杂的工作编写bash脚本。在
- 把管道带到任何地方(便携性)。在
- 执行再现性指南。在
这个python存储库是most类的python包装器(正在工作), 允许您用Python构建工作流的结构,并让这个模块为您生成和导出CWL。在
Nb:这不会为您检查工作流或命令行工具的逻辑。
CWLTool有一个可以使用的--validate
模式。在
快速入门指南
您可以使用以下命令通过pip安装python cwlgen:
pip install cwlgen
它是如何工作的?
这个存储库包含许多映射CWL规范的python类(Workflow)| CommandLineTool)。本质上,每个类的初始值设定项都 它期望的属性,它可能是另一个对象。这些类包括相关的docstring 类及其属性的上下文。在
examples/
文件夹包含一些简单的示例,但是本质上您只需初始化
正在尝试构建。类的初始值设定项具有它期望的所有属性,这些属性可能是另一个对象。在
创建命令行工具
^{pr2}$参考文献
CWL是由一个由组织和个人组成的非正式、多供应商工作组开发的 旨在使科学家能够共享数据分析工作流程。 CWL project is on Github。在
已知问题
SchemaDefRequirement
不会将types
子字段解析为特定类型 (InputRecordSchema | InputEnumSchema | InputArraySchema
),但将它们保留为一个简单的字典。在
- 项目
标签: