核酸三维结构与分子动力学轨迹分析
barnaba的Python项目详细描述
简介
barnaba是分析rna三维结构和模拟的工具。barnaba使用mdtraj来读/写拓扑和轨迹文件，因此它支持多种格式，包括pdb、xtc、trr、dcd、binpos、netcdf、mdcrd、prmtop等等。 巴纳巴是桑德罗·博塔罗在乔瓦尼·布西、乔瓦尼·皮纳蒙蒂、萨宾·雷尔和沃特·布姆斯马的帮助下开发出来的。
这就是你可以用巴纳巴做的：
- 计算ermsd[1]
- 在最佳对齐后计算rmsd
- 在PDB数据库或模拟中搜索单链/双链RNA基序[1]
- 用leontis-westhof分类注释pdb结构和轨迹
- 以SVG格式生成动态二级结构图
- 使用ermsd作为度量距离的簇核酸结构
- 计算核酸和核酸/蛋白质复合物的弹性网络模型[2]
- 计算PDB结构或轨迹中的主干和折叠扭转角
- 从pdb结构或轨道反算3j标量耦合
- 使用escore[1]
有关错误、问题或评论，请与sandro dot bottaro（猜猜看）gmail dot com上的sandro联系
如果您在工作中使用barnaba，请引用以下文章：
@article{bottaro2018barnaba,
title={Barnaba: Software for Analysis of Nucleic Acids Structures and Trajectories},
author={Bottaro, Sandro and Bussi, Giovanni and Pinamonti, Giovanni
and Rei{\ss}er, Sabine and Boomsma, Wouter and Lindorff-Larsen, Kresten},
journal={Biorxiv},
year={2018}
}
要求
< DL>barnaba需要mdtraj（http://mdtraj.org/" rel="nofollow">http://mdtraj.org/）来操纵结构和轨迹。 要执行群集分析，还需要scikit learn。
可以使用 pip 安装所需的软件包，例如：
< Buff行情> pip安装mdtraj安装
您可以使用pip:
< Buff行情> pip安装barnaba在MacOS上，您可以使用随MacPorts分发的Python安装相同的标记版本：
< Buff行情> sudo端口安装py36 barnaba只需将36替换为您喜欢使用的python版本即可。
或者，您可以在github上找到barnaba的最新版本：
< Buff行情> git克隆git://github.com/srnas/barnaba.git然后移到barnaba目录并运行命令
< Buff行情> pip安装-e.注意，barnaba是使用setuptools\u scm安装的 与Git存档不兼容。因此， 您将无法从git tarball安装barnaba。
一些用户可能在使用pip安装mdtraj时遇到问题。如果是这种情况，建议使用conda安装mdtraj：
< Buff行情> Conda安装–频道omnia mdtraj用法
barnaba既可以用作python库，也可以用作命令行工具。 可以在 示例目录中找到许多笔记本示例。 用于进行分析和生成手稿中的图形的笔记本可以在文件夹中找到。
或者，可以在bin目录中找到命令行界面。这里有一个最小的操作方法
最小帮助： 巴纳巴–帮助
计算结构之间的ermsd
barnaba ermsd–ref../test/data/sample1.pdb–pdb../test/data/sample2.pdb
也可以通过指定拓扑文件来提供轨迹
barnaba ermsd–ref../test/data/sample1.pdb–top../test/data/sample1.pdb–trj../test/data/samples.xtc
其他已接受的选项显示在特定于功能的帮助中
Barnaba ermsd–帮助
计算结构之间的rmsd
barnaba rmsd–ref../test/data/sample1.pdb–pdb../test/data/sample2.pdb–转储
查找单链图案
barnaba ss_motif–查询../test/data/gnra.pdb–pdb../test/data/1s72.pdb
找到双链图案。l1和l2是两股的长度
barnaba ds_motif–查询../test/data/sarcin.pdb–pdb../test/data/1s72.pdb–l1 8–l2 7
根据Leontis/Westhof分类注释结构/轨迹。
barnaba annotate–pdb../test/data/sarcin.pdb
生成动态二级结构图。它需要输入用annotate命令生成的文件.pairing和.stacking。
Barnaba Sec_结构–ann outfile.annotate.stacking.out outfile.annotate.pairing.out
计算主干/糖/假旋转角
Barnaba扭转–PDB../test/data/gnra.pdB–主干–糖–折叠
计算J型联轴器
barnaba jcoupling–pdb../test/data/sample1.pdb
计算rna的弹性网络模型并预测形状反应性。注意：仅适用于PDB。
barnaba enm–pdb../测试/数据/gnra.pdb–形状
计算椭球截止线内成对基r_ij ang g矢量之间的相对位置
从具有给定序列的结构中提取片段。注意：仅适用于PDB。
barnaba snippet–pdb../test/data/1s72.pdb–seq nngnrann
计算escore
参考文献
< DL>欢迎加入QQ群-->： 979659372
